寄托天下 寄托天下
查看: 3763|回复: 3

[生化] Monazite Sub经验帖(四)——生化交叉学科专业英语七大核心竞争力,你具备了几种? [复制链接]

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

声望
1204
寄托币
1705
注册时间
2010-5-17
精华
6
帖子
460

荣誉版主 德意志之心 Sub luck

发表于 2010-9-27 00:10:13 |显示全部楼层
本帖最后由 睡到自然醒 于 2010-9-27 00:12 编辑

以下是Monazite反思多年来阅读文献的经历后总结出的七条可以明显提升阅读速度的技能,其中有的可以通过突击性的努力在短时间内掌握,但更多的需要在阅读的过程中慢慢积累。Monazite是经过长时间的摸索才找寻到在阅读前沿文献的同时积累知识并有效记忆的方法的。看到这篇帖子,志在学术却面对Journal山Article海无所适从的你,会不会从现在开始,就从接触的每一篇Paper中,积累属于你的竞争力呢?
J; L; P1 z+ X, B4 {
$ d5 ?7 t3 H9 X# j( O* `( m6 g
一、专业基础知识
Chemistry is chemistry; Biology is biology, no matter what language it is in. 从某种意义上讲,这些学科本身就是一种语言。化学的语言可以表现为分子结构和他们的相互转换,生化的语言则可以表现为在某一尺度和复杂度层面上生命分子的相互作用和调节(原谅我的狭隘,只能根据自己的专业背景来表述)。英汉两种语言固然是天壤之别,但无论我们阅读的是什么语言的文献,其目的都是把它们翻译为学科自己的语言——而翻译离不开对两种语言同时、同等程度的掌握。因此,对于那些即使给你翻译成汉语你还是看不懂的文献,你只能通过发掘它们的Reference,和写Paper的人站到同一知识层次的高度上,才能真正的理解文献的意义和独到之处(当然,纯粹以学习实验方法为目的的阅读除外)。
0 c! D* \( M* x6 J4 z  {所以,如果你是做有机合成的,就多注意积累一些人名反应和反应机理,对著名反应的发展历程(适用范围的拓展过程以及巧妙的Modification)也要有所关注。如果你是做化学生物学的,则更要注意积累的广度。例如,细胞表面受体如GPCR和Receptor Kinase下游可能的级联反应以及在细胞层面对表现型的影响;参与重要细胞过程如分裂、调亡、自噬等的重要调节蛋白及受其调控的下游通路;蛋白各种转录后修饰可能发生的位点、可逆性和有代表性蛋白修饰后的功能变化,等等(实在不胜枚举)。对这些知识的积累可以让你免去阅读过程中每读几段便要翻课本或者Wikipedia的奔波之苦,尽情地享受Paper给你带来的美感和启发。

二、GRE词汇0 _! }9 Q: D8 H8 |
强调它的重要性的困难在于,不是所有考过GRE的同学都知道,但没考过的同学都不知道。这意味着很多背完GRE词汇,平时不怎么读Paper又把它们忘掉的同学,跑来误导没考过的同学说GRE词汇都是考完就忘的累赘云云,让我们目睹了一幕幕大四上考10G,考完10G就申请的悲剧。我从不否认在TOEFL核心词汇和相当专业知识的基础上,以帮助Research为目的读懂一篇高水平的Research Article是完全可能的,但效率何在?乐趣又何在?6 b/ y/ b3 D, {; R# F" M
个人以为,平时广泛地读Paper更重要的是深入了解一些热点领域的背景、发展历史、前沿和主要争议——这根本不是一篇Research Article所能涵盖的了的。一般通过一篇Research Article遇到一个感兴趣的领域,通常的做法不是直接看Figure盯他实验怎么做的,而是先读Introduction和Conclusion看看好不好玩,然后抓一两篇Review来读,再通过Review找几篇里程碑式的Article出来看看,对其中的事与人进行充分的了解。经常读Paper的都知道,Article的前言后语,以及Review中的GRE词汇特别多,因为作者总希望通过“同义词代换”避免重复用词(这是我说的^_^)。
最后,就是读Paper的乐趣。一般打开一期Nature/Science,最好不要先看Article/Letter/Report,先选看前面的Policy Forum,Journal Club,然后是Research Highlight,News and Views,Perspective之类的,可以短时间了解当期头牌Paper的来龙去脉不说,无论是欣赏编辑们的文笔,还是看各国各科各年龄段教授、研究生的生存百态,都足够陶冶情操,怡情养性了。这些东西你要是没有GRE词汇的储备就相当的痛苦啦:)

三、专用词根词缀
专业术语的最大特点就是复合词的大量应用。我们背红宝书的时候,最常用的就是词根记忆,很多的单词一看到就分拆成几块,依次说文解字之后,意义就出来了。但当你在阅读英文书籍,看到一个将近十个字母的长词(也许它十个熟词),你是否也有习惯把它“说文解字”一番呢?如果没有,不妨尝试一下,那记忆的效果简直。。。再说我就要流口水了。9 f$ l' d$ ^) ~# N% C
先讲一个“笑话”:第一次学分子生物学,见到果蝇Drosophila这个词,只知道‘-phile’是表示“亲、爱”的后缀(化学背景,只认识nucleophile,hydrophilic这些词儿),前面一半不认识。于是就拼命地问别人“Droso”是什么东西,遭了一堆白眼“这不就是果蝇么!?”后来才知道,“Droso”在拉丁文中是表示“阴暗潮湿”的意思,果蝇叫Drosophila就因为喜欢生活在阴暗潮湿的环境。而种名melanogaster同样可以拆分为“黑色(melano)”和腹部“(gaster,和胃是一个词根)”。闹了半天,怪怪的黑腹果蝇Drosophila melanogaster就是这么来的。9 m$ d  A9 V: J  {! X% i
再举一个例子:大家可能知道adrenaline和epinephrine都是肾上腺素的意思,但你如果是化学专业背景,不“说文解字”一下,你绝对想不到renal和nephr 都是代表“肾”的词根,形容词形式renal和nephric。话说回来这两个词的构词法也够绝的,ad-和epi-一个表示上,一个表示外,后面带上-ine,表示天然产物的suffix,自然就表示肾上腺素了。
其实,各种内脏器官的术语词根也都来自拉丁文或希腊文,很多和它们自己的英文名字有很大的差别。例如cardi-表示心、pulmon-/pneum-表示肺、hepato-表示肝、nephr-表示肾、spleno-表示脾、gastro-表示胃、chol-表示胆、pancrat-表示胰、hemato-表示血液、angio-表示血管等等。其中除了脾、胰的词根和它们的名词spleen和pancreas相近,其它的都要费写心思来挖掘和记忆。5 [/ ^3 H2 J$ E
最后还要提醒一下,词根词缀的规律也不能一概而论。当你知道-tropin是表示“促进激素”的后缀的时候,看到atropin千万不要误认为这也是一个“激素”,那可是大名鼎鼎乙酰胆碱受体颉抗剂:阿托品。, i: E, A) j/ P! b: J6 B. ~
5 q6 w8 D! Z' H7 v) [5 g8 Y6 J
四、化学元素周期表 in English9 o! }2 c/ D1 Q+ e5 H
不是我不小心,到我毕业才发现,大名鼎鼎的PKU化学系不少人不会用汉语背化学元素周期表。不是我存心故意,到我秒Sub才发现,原来无机化学的英语,就是那一百零几个单词。不幸的是,自从后来加入了一家生物实验室,因为用的是进口药品大家不太认得,我被当成药品柜的掌柜了T.T。。。3 [. @" Q! n* t. r0 q
背了周期表还要了解一些词缀。酸根的名称:高价后缀-ate,低价后缀-ite。次某酸加前缀hypo-,过某酸或高某酸加前缀per-。例如氯的含氧酸根氧化数从低到高依次是hypochlorite,chlorite,chlorate和perchlorate金属离子,不变价的直接用元素名称如sodium chloride,变价的高价把-ium变-ic,低价的变-ous,系统命名的话直接在元素名称后面加化合价。例如CuCl2是cupric chloride或copper(II) chloride,CuCl则是cuprous chloride或copper(I) chloride。再复杂的命名就要靠大家自己去explore了。。。3 m- H9 ?! M7 i  ^  G
最后,周期表一定要学而时习之,不然lanthanide之流的生僻元素容易忘。搞学术的,总要讲点唯美主义才好,对不对?  W8 K# \& K+ F" O& {
" E; K; f5 A6 j  k, l/ S3 ?' `. G
五、有机物各种官能团、骨架的名称和系统命名. z: U5 ~# ^) e: g  B+ Z
这个东西不是在基础有机化学课程中就解决了吗?其实未必。目前PKU的有机化学已经进入英语授课时代,但在我们上中文课的时候,一年有机课上下来,也没搞清楚oxazolindine和oxazoline的区别。其实这一条“竞争力”主要指向基础有机化学课程的第二个学期,涉及杂环以及比较复杂的多环化合物的时候却不考系统命名这一缺陷。后来,主攻化学合成的同学自然会把这块缺陷很快地补上,但转型化学生物学或者本来就是生物专业的同学也许就不会有这么好的意识,甚至连一些基础的官能团名称都忘了。生物分子中杂环体系比比皆是,常见有机官能团也全都在列,在研究DNA、蛋白质修饰的Paper中难免会出现成段的讨论官能团和骨架如何转化的问题,要是这些术语都不认识就郁闷了。
系统命名的问题就不多废话了,主要还是针对Chem-Biol交叉学科的同学。比较要命的是在Paper的Experimental Section,好多试剂用的都是缩写词,后面直接跟一个系统命名,见不到一个Figure,看起来很是麻烦。最后出两个根据命名写结构式的练习,大家自测一下(都是SPPS活化羧酸用的试剂)。
N-[(1H-benzotriazol-1-yl)(dimethylamino)methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate N-oxide;2 i- q1 @) j6 C% O: N- Q
7-azabenzotriazol-1-yloxytris(pyrrolindino)phosphonium hexafluorophosphate. o& \) n, v$ J% p$ B/ a5 B) S% s
2 X" O  ~) R; Z( m
六、物质俗称与化学结构的对应1 [9 J3 g+ r4 b& p" t
等你成了这个领域的老手……当新人向你请教的时候……你总是忍不住,故意或者无意识地甩几个术语,从新手错愕发愣的表情中获得一种愚蠢的快感……" Z( e$ d6 l1 c! N2 u
——老罗语录《术语》) j9 i: I# W  b. A0 |/ a- P
这也许就是为什么一切在生物体内能找到的,甚至只发现过程跟生物沾点关系的小分子,即使那些结构简单到可以用系统命名法轻松命名的,在文献中依然沿用俗称的原因——为我们成功读懂设置障碍。没办法,为了突破这门槛,只好靠强行记忆。下面举几个例子:- U6 g6 N- _; x. q) e2 d
1、脂肪酸——一个比较有代表性的系列:
C12叫lauric,C14叫myristic,C16叫palmitic,C18叫stearic,C18单不饱和叫oleic,C20四不饱和叫arachidonic等等。表示酰基的时候把-ic去掉换成-oyl。害得我认识了不少植物名称,从此不管花生叫peanut而叫arachis。。。
类似于这样的系列,除了基础的amino acid,nucleotide,monosaccharide等需要常用常新外,还包括steroid系列、vitamin系列、antibiotics系列等,需要你在平时阅读中随时为你的竞争力添加新的inventory^_^
2、对化学生物学领域而言,了解各门类天然产物的骨架和prestige pharmacophore已经成为一种常识。当然,天然产物更离不开“俗称”的统治,即使简单的benzopyranone都要用coumarin、flavanone等俗称来表示。(苦于本人的这一块知识比较缺乏,目前急于积累,举不出什么compelling的例子,但天然产物这一块对化学生物学确实太重要了,不得不提): R# L  g% E+ |9 O. T' u2 p  C
3、易混词:三道小测验,请将每组中文名称和英文名称一一对应:
A: malic acid, maleic acid & malonic acid 苹果酸、顺丁烯二酸和丙二酸( F  k8 Q; V5 }6 q! p
B: linoleic acid & linolenic acid 亚油酸和亚麻酸
C: fucose & fructose 岩藻糖和果糖

七、缩写词和全称/功能的对应1 g" H) B* Q$ |8 M- [( e$ O8 F
如果说读Paper的时候碰到几个的物质俗称不认识还不算麻烦,用金山词霸就可以对付的话,那么碰到一堆不认识的缩写词绝对让你痛不欲读。文献作者用缩写词还是情有可原的,毕竟面目狰狞的一大排单词可以得以简化,但这无疑又加高了读Paper的门槛,为初学者设置了障碍。很多无良的Paper默认读者必然熟悉相关的研究领域,于是使用大量缩写词却不提供它们的全称。而很多过专过偏的术语即时Google起来都非常困难,严重影响阅读速度。7 X. u; m2 H" l+ a- x
最初体验到这种“竞争力”的存在,还是读一本中文书《现代有机合成化学——选择性有机合成反应和复杂有机分子合成设计》。那时本人才高三,书中大片的保护基和试剂的简称很多都是我从未遇到过的,结果造成阅读过程举步维艰。好在当时时间充裕,硬着头皮把它啃了下来。转型化学生物学后,本人依旧保持了“欣赏”全合成Paper的良好习惯。但这么多年过去了,还是能感觉到那些缩写词、简称在我心中留下的巨大心理阴影。& ?2 d8 Y: P6 h  w& V
生化这边的缩写词则更为泛滥。其实,很多基因名称都源自突变型的Phenotype的缩写。这一习惯沿袭下来后,很多蛋白以及其中发挥重要作用的domain都有自己的简称,比较通用的简称在使用的时候就不加注解了。对于常见的这类缩写词,更重要的不是记住它们的全称,而是直接记忆或者挖掘它们的功能。少数的缩写会对它们的功能有些提示,例如Protein Kinase的三类PKA、PKC和PKG,提示了它们分别被cAMP,钙离子和cGMP激活。但更多的缩写,尤其对于很多参与蛋白—蛋白相互作用识别的Domain,就只能强记它们的功能了。例如SH2 domain识别pY,PHD domain识别Histone上完全甲基化的Lysine,PDZ domain识别C-末端肽段,BH3 domain识别amphiphilic alpha-helix等等。. @8 f  q1 n" o- \
总而言之,要在广阔的生化交叉学科做到广纳百家之长,对各种缩写词、简称的掌握是一门利器。如果你的记忆不放过每一个曾经让你头痛不已的缩写词,那么你的专业英语阅读一定会越读越顺的。

------------------------------------------------------------------------
文章转自太傻,作者Monazite 1986
已有 1 人评分寄托币 收起 理由
sunwei0 + 20 精品文章

总评分: 寄托币 + 20   查看全部投币

回应

使用道具 举报

Rank: 1

声望
0
寄托币
20
注册时间
2010-1-12
精华
0
帖子
0
发表于 2010-9-29 09:29:32 |显示全部楼层
呵呵,受益匪浅!

使用道具 举报

Rank: 1

声望
0
寄托币
25
注册时间
2011-1-27
精华
0
帖子
1
发表于 2011-1-28 12:51:47 |显示全部楼层
:)学习啦

使用道具 举报

声望
50
寄托币
1090
注册时间
2009-12-25
精华
0
帖子
125

US-applicant

发表于 2011-1-29 10:57:17 |显示全部楼层
提示: 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽

使用道具 举报

RE: Monazite Sub经验帖(四)——生化交叉学科专业英语七大核心竞争力,你具备了几种? [修改]
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

问答
Offer
投票
面经
最新
精华
转发
转发该帖子
Monazite Sub经验帖(四)——生化交叉学科专业英语七大核心竞争力,你具备了几种?
https://bbs.gter.net/thread-1161046-1-1.html
复制链接
发送
报offer 祈福 爆照
回顶部