[生物医学] UC系统之生物信息学 [复制链接]

柯南
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发表于 2005-8-17 12:23:21 |只看该作者 |倒序浏览

UC系统之生物信息学(UCSF, Berkeley, UCLA, UCSD, UCSC, UCR)

送交者: ucr 2005年8月14日20:55:48 于 [教育与学术]http://www.bbsland.com

1. UCSF，这是多少学医学和生物人的梦想啊！值得介绍的专业是：
Graduate Program in Biological and Medical Inxxxxatics, http://www.bmi.ucsf.edu/

(1)整个Program有45名教授，非常庞大，研究力量也非常强。Program的录取要求是至少本科学历，同时the core curriculum assumes that students have substantial computer literacy, and are knowledgeable of the basic life sciences, introductory calculus, matrix manipulation, and elementary statistics. In addition, students should have additional coursework or experience in some aspect of computer science, which could include database or algorithm design, elementary knowledge of a programming language, software engineering, or database or system administration.

(2)2004年在它们的网站上看见了给国际学生的note，大意是申请它们这个program是如何如何困难，竞争如何如何厉害，给国际学生的奖学金非常有限，请大家不要浪费60美元的申请费。不过现在找不到这条信息了，算一个好的信号。

2. UC Berkeley了，UC Berkeley没有医学院，但是它的生物很强，同时，因为地理的关系，也和UCSF保持着很好的合作。UC Berkeley的Bioengineering系，http://bioeng.berkeley.edu/，和UCSF合作成立了Joint Graduate Group in Bioengineering, http://bioeng.berkeley.edu/graduate/index.html 。

（1）研究方向就包括 Computational Biology, Bioinxxxxatics, and Genomics，http://bioeng.berkeley.edu/graduate/bioinxxxxatics.html，有15位来自UC Berkeley和UCSF的教授。
（2）申请要求：要求申请者对生命科学有着浓厚的兴趣，同时要能证明有着很强的数学和物理的背景。另外，Appropriate academic preparation includes a two-year college mathematics sequence, including calculus and differential equations, and a one-year sequence in physics and chemistry, plus extensive upper-division work in either engineering or biology. A course in linear algebra is highly desirable.

UC Berkeley还建立了一个Graduate Group in Computational and Genomic Biology, http://computationalbiology.berkeley.edu/graduategroup.html . 但是和前面介绍的其他学校不同的是，这不是一个stand-alone的group，申请者需要通过申请单独的系来进入这个group。
http://computationalbiology.berkeley.edu/graduategroup.html 列出了教授们的大致的研究方向，可以先看看对谁感兴趣，再申请具体的系。

从http://www.stat.berkeley.edu/faculty/index.html 可以查到在统计系里面，哪些教授在做生物信息的研究工作，值得提到的有Dr. Michael I. Jordan, http://www.cs.berkeley.edu/~jordan/
和Dr. Sandrine Dudoit, http://www.stat.berkeley.edu/~sandrine/ .

在CS系，有3个教授从事计算生物的研究，分别是Michael Jordan， Richard Karp 和Gene Myer， http://www.eecs.berkeley.edu/Research/Areas/CS/CB/ 。

3. UCLA
UCLA的医学院排名第11。UCLA的Bioinxxxxatics Program的链接是:
http://www.bioinxxxxatics.ucla.edu/ 。

（1）申请者需要通过申请单独的系，包括Biological Chemistry, Biomedical Engineering, Biomathematics, Biostatistics, Chemistry and Biochemistry, Computer Science, Human Genetics, Mathematics, Microbiology, Immunology and Molecular Genetics, Molecular & Medical Pharmacology, Molecular, Cell and Developmental Biology和Statistics系。具体的申请要求和截止日期请参考 http://www.bioinxxxxatics.ucla.edu/apply/program_departments.htm 。
（2）核心课程包括：
Statistics 100A: Introduction to Probability Theory
Chemistry/Biochemistry 260: Bioinxxxxatics and Genomics
Math/Statistics 254: Statistical Methods in Computational Biology
Chemistry/Biochemistry 202: Bioinxxxxatics Interdisciplinary Research Seminar
选修课程包括：
Biology C275：Computational Biology
Biomath 207A：Theoretical Genetic Modeling
Biostatistics 272：Statistical Genetics
Chemistry 251B：Computer Algorithms in Molecular Biology
Chemistry 298： Seminar: Computational Methods in Bioinxxxxatics
Microbiology M246：Computer Analysis of Genetic Organization
MCDB 292：Seminar: Molecular Evolution
（3）专业要求：
http://www.bioinxxxxatics.ucla.e ... am_requirements.htm 列出了整个program的要求和设置。概括地说，这个program要求学生先进入一个graduate program来作为他们的major subject，同时还要从Biology, Computer Science, and Mathematics中选一个作为他们的minor subject。需要注意的是，毕业之后学生拿到的是所在graduate program的学位而不是Bioinxxxxatics Program的学位。

4. UCSD
UCSD的医学院排名第14，其Bioinxxxxatics Program的链接是：
http://bioinxxxxatics.ucsd.edu/ 。这个也很棒，值得申请。

(1) 申请要求，请参看 http://bioinxxxxatics.ucsd.edu/students/admissions.htm 。这是一个独立的program, 直接申请即可。
(2) 课程安排：
核心课程：
Bioinxxxxatics I: Biological Data & Analysis Tools
Bioinxxxxatics II: Sequence and Structure Analysis Methods and Applications
Bioinxxxxatics III: Genetic Circuits and Modeling Pathways
Bioinxxxxatics IV: Statistical Methods for Bioinxxxxatics
选修课程请参看： http://bioinxxxxatics.ucsd.edu/students/courses.cfm
（4）师资力量：一共有58位教授，阵容非常强大，具体请看 http://bioinxxxxatics.ucsd.edu/faculty/index.htm 。

http://bioinxxxxatics.ucsd.edu/faculty/deptlist.htm 按系列出了老师。值得推荐的是：
a. Shankar Subramaniam, 他的实验室的链接是：http://genome.ucsd.edu/ ，Lab for Bioinxxxxatics and Systems Biology, 其主页的链接是 http://genome.ucsd.edu/people/index.shtml 。此人为整个program的director。
b. Jeff Hasty，他的实验室的链接是：http://biodynamics.ucsd.edu/ , Systems Biodynamics Lab。
c. Trey Ideker，他的实验室的链接是：
http://www-bioeng.ucsd.edu/faculty/area/ideker_lab/ ，
Laboratory for Integrative Network Biology, 非常 promising。
d. Bernhard Palsson, 他的实验室的链接是：http://gcrg.ucsd.edu/ ， Lab for Systems Biology and Genetic Circuits 。
e. Xiaohua Huang, 他刚加入这个program，还没有正式的实验室的主页，http://www-bioeng.ucsd.edu/faculty/alpha/faculty.cfm?psnid=547682 介绍了他的研究兴趣，http://www.jacobsschool.ucsd.edu ... le.pl?fmp_recid=191 介绍了他的背景。
f. Vineet Bafna, 计算机系的教授，主页是 http://www-cse.ucsd.edu/users/vbafna/ 。
g. Eleazar Eskin，计算机系的教授，主页是 http://www.cse.ucsd.edu/%7Eeeskin/ ，曾在指南6中提到的Columbia大学的Christina Leslie教授手下做过postdoctor。他现在的主页研究方向是国际人类基因组单体型图计划，今年2月和别人刚发过一篇Science的文章， Whole-Genome Patterns of Common DNA Variation in Three Human Populations'' Science 18 February 2005: 307(5712):1072-1079.
h. Pavel Pevzner, 计算机系的教授，大牛人就不用介绍了，他的主页是：http://www-cse.ucsd.edu/users/ppevzner/ 。

另外还有2个牛人，虽然不在Bioinxxxxatics Program, 如果能有机会和他们合作，也非常不错。一是Terry Gaasterland， http://www.sgc.ucsd.edu/members.html， 2005年刚从Rockefeller大学move到UCSD的 Scripps Institution of Oceanography，她在Rockefeller是Lab for Computational Genomics的head，http://genomes.rockefeller.edu/，现在是Scripps Institution of Oceanography的Genome Center的Director。二是Bing Ren, Assistant Professor of Cellular and Molecular Medicine, http://medicine.ucsd.edu/molpath ... e.php?faculty_id=33 。

5．UCSC 全名是UC Santa Cruz，非常漂亮的一个海滨城市，临近硅谷，地理位置佳。UCSC的 Bioinxxxxatics Program正式于2002年春运行，在全美都很有名，它的链接是：http://www.soe.ucsc.edu/programs/bioinxxxxatics/graduate/ 。这是一个独立的program，共有7位正式的老师，都是Dept. of Biomolecular Engineering http://www.soe.ucsc.edu/departments/bme/faculty.html 的faculty（这个系于2004年2月正式成立）。

http://www.soe.ucsc.edu/programs ... aduate/faculty.html 还列出了一些related faculty，不知道他们是否也能带Bioinxxxxatics Program的学生，我的猜测是。

（1）这个Program偏向computaional，它们的目标是combines mathematics, science, and engineering to explore and understand biological data from high-throughput experiments, such as genome sequencing and gene expression chips.
（2）录取要求请看：http://www.soe.ucsc.edu/advising/graduate/admissions.html 。2005年Fall, 整个program从100多人中录取了7人，一般他们会在1月发出面试邀请，2月做出正式的决定。那以后没有消息的话一般就没有希望了。
（3）研究方向。http://www.cbse.ucsc.edu/research/research_bioinfproject.shtml 介绍了具体的一些研究方向，包括： DNA research，RNA research，Protein research，Estimating amino acid distributions，Parallel sequence analysis，Discriminative models in computational biology，EST analysis ，Software tools。
（4）教授推荐：

a. David Haussler, 大牛，被公认为Bioinxxxxatics的pioneer 之一，他目前是Howard Hughes Medical Institute的 Investigator, Center for Biomolecular Science & Engineering的Director。http://www.cbse.ucsc.edu/news/resources.shtml#Story3 列出了关于他的研究和荣誉的新闻报道。他的实验室Genome Bioinxxxxatics Group的网址是 http://www.cbse.ucsc.edu/staff/hausslerlab.shtml 。他们的主要研究工作是“produce, assemble, and annotate the first mammalian genomes. They designed and built the program that assembled the first working draft of the human genome sequence from inxxxxation produced by sequencing centers worldwide and participated in the inxxxxatics associated with the finishing effort.“ Haussler对Computational Biology最早的贡献是把Hidden Markov Model引入了Computational Biology这一领域。

b. Kevin Karplus, 是和David Haussler一起筹建Bioinxxxxatics Program的人之一。他现在是整个program的undergraduate and graduate director,负责招生。他的研究方向包括Protein structure prediction, analysis of protein sequences, hidden Markov models, neural nets, fragment packing，实验室的网址是 http://www.soe.ucsc.edu/%7Ekarplus/group/index.html 。

c. Josh Stuart, 2004年毕业于Stanford的Biomedical Inxxxxatics Program, 现在是Computational Functional Genomics Lab的director, http://www.soe.ucsc.edu/~jstuart/Lab/index.html 。他的主要研究兴趣是 Develop computational models to predict gene function；Integrate datasets across multiple organisms to identify core molecular pathways；Develop algorithms and resources for biological discovery。

d. Todd M. Lowe，http://lowelab.ucsc.edu/~lowe/， 1999年毕业于Washington University, 师从著名的Sean R. Eddy 。他的实验室 http://www.soe.ucsc.edu/%7Elowe/ 的研究方向包括 DNA microarray chips, gene expression in Archaea, RNA gene prediction, cross-species hybridization, comparative genomics.

6. UCR 的全称是 UC Riverside。它建有一个独立的Graduate Program in Genetics, Genomics and Computational Biology， http://www.genetics.ucr.edu/ 。

（1）申请。这个program包含3个track: Molecular Genetics, Evolution and Population Genetics, and Genomics/Bioinxxxxatics。申请的时候，需要注明申请哪个track。Genomics/Bioinxxxxatics是目前最受青睐的一个方向。

http://www.genetics.ucr.edu/main.php?action=view_section§ion_id=49 具体地介绍了各个track的研究方向。它们建议申请者申请之前仔细阅读student handbook http://www.genetics.ucr.edu/down ... tudent_handbook.pdf 。里面介绍了各个track对学生的要求，你可以借此看自己是否适合申请。同时它也介绍了各个track的课程安排，研究计划表等等。

（2）师资力量。 http://www.genetics.ucr.edu/main.php?action=view_section§ion_id=3&dynamic_section=faculty 列出了整个program来自全校11个系的62位教授。

推荐的教授是 Jiang Tao, http://www.cs.ucr.edu/~jiang/ ，来自计算机与工程系。他的主要研究兴趣很广泛，包括developing efficient algorithms and software for computational problems in molecular biology and genomics； efficient algorithms for comparison of annotated sequences, quartet-based reconstruction of evolutionary trees, comparative plant/bacterial genomics, probe set design and cluster analysis for oligonucleotide fingerprinting of ribosomal RNA genes (OFRG), search for tranxxxxion factor binding sites, NMR peak assignment, haplotyping on pedigrees, and a few prototype software tools。

已有的事，后必再有。
已行的事，后必再行。
日光之下，并无新事。
岂有一件事，人能指着说，"这是新的"。
哪知，在我们以前的世代，早已有了。