2006年 北美 生物信息学 申请指南---12 UT Health Science Center at Houston

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这份指南介绍德州的UT Health Science Center at Houston，UT Austin和TAMU，就给德州的学校画上了一个句号。UPitt的医学院排名第16，这里介绍的是UPitt和CMU合办的一个专业，同时也介绍了在 CMU，UPitt的一些其他专业。同在宾州的PSU也正在筹建Bioinformatics Program，加上之前介绍过的UPenn，宾州的学校也介绍完毕。

University of Texas Health Science Center at Houston的Graduate School of Biomedical Sciences提供了14个Ph.D. Program， http://gsbs.gs.uth.tmc.edu/pro_programs.htm ， 包含了21个研究方向。Bioinformatics是其中的一个研究方向，http://gsbs.gs.uth.tmc.edu/pro_bioinfo.htm 。

1．申请。要接受Bioinformatics的training，就必须先申请14个Ph.D. Program中的Biomathematics and Biostatistics http://www.mdanderson.org/departments/biomath/ , Gene and Development http://www3.mdanderson.org/public/genedev/public_html/ , 和Human and Molecular Genetics http://hgc.sph.uth.tmc.edu/hmg/ 3个program之一。 总的录取要求在 http://gsbs.gs.uth.tmc.edu/pro_admin_reqt.htm 可以看到，包括课程安排等：
•Biology -- a minimum of one year (preferably including a course in introductory biology)  
• Biochemistry -- a minimum of one semester (with prerequisite organic chemistry)  
•  Calculus -- a minimum of one semester  
•  Physics -- a minimum of one year
，而每个program又有各自的一些要求，请去上述链接查找。

2．师资力量。可以根据具体的program去查找从事Bioinformatics/Computational Biology的教授。或者在http://gsbs.gs.uth.tmc.edu/searches/gsbs_tutorial_search.html 的search 框内输入关键字Bioinformatics/Computational Biology来查询老师。如果输入Bioinformatics, 会得到14条查找结果，输入Computational Biology，会得到4条查找结果，输入Genomics会得到51条结果。

对德州感兴趣的同学也可以考虑UT Austin。它建有Center for Computational Biology and Bioinformatics，http://ccbb.biosci.utexas.edu/ 。一些研究方向包括：Nucleic acid structure and function,Molecular evolution,Computational Phylogenetics,Proteomics,Drug Design,Regulatory and Developmental Pathway Inference。它们不能提供PhD degree，想接受训练的申请者可以加入这个研究中心的教授合作。http://ccbb.biosci.utexas.edu/ 按系列出了各位教授的链接。

德州农机大学TA&MU的计算机系目前有3位从事Bioinformatics研究的教授，分别是Dr.Sing-Hoi Sze, http://www.cs.tamu.edu/people/faculty/shsze ; Dr. Michael Thon, http://www.cs.tamu.edu/people/faculty/thon ; Dr. Nancy Amato, http://parasol.tamu.edu/people/amato/ 。






     2004年UPitt的Department of Computational Biology和CMU合作成立了Joint CMU-Pitt PhD Program in Computational Biology， http://www.compbio.cmu.edu/ ，2005年第一次招生，预计招收8人。

1．申请。它们最希望的学生是有Computational Biology的本科学位或者是有biology and quantitative sciences的双学位。要求的先修课程 http://www.compbio.cmu.edu/Admissions/prerequisites.html 包括：

Life Sciences  
   Cell Biology (e.g. CMU 03-240 or Pitt BIOSC 1500)  
   Biochemistry (e.g. CMU 03-231/03-232 or Pitt BIOSC 1000)  
   Genetics (e.g. CMU 03-330 or Pitt BIOSC 0350)  
Computer Science  
   Intermediate/Advanced Programming (e.g. CMU 15-111)  
   Fundamental Data Structures and Algorithms (e.g. CMU 15-211, at other universities    this may be either one or two courses)  
   Algorithms (e.g., CMU 15-451, Pitt CS 1501, or Pitt CS 1510)  
Physical Sciences  
   Statistical Thermodynamics or Physical Chemistry  
Mathematics and Statistics  
   Vector Calculus (e.g. CMU 21-259)  
   Linear Algebra (e.g. CMU 21-341)  
   Probability & Statistics  
Computational Biology  
   Computational Biology (e.g., CMU 03-510 or Pitt BIOSC 1540)  
   不需要申请费，需要sub成绩。2005年是例外，第一次招生，不强求sub成绩。

2．课程安排。
       核心课程包括：
Molecular Biology or Biochemistry or Molecular Biophysics or Biophysical Chemistry；
Algorithms；
Computational Genomics；
Computational Structural Biology；
Cellular and Systems Modeling。
    之外，每个人还需要从Computational Genomics；Computational Structural Biology；Cellular and Systems Modeling；Bioimage Informatics；Computational Neurobiology中选定一个作为自己的专业方向，并选择相应的选修课程。

3．师资力量。整个program一共有来自2个学校的67位教授，非常庞大， http://www.compbio.cmu.edu/Faculty/ 。2005年录取时没有邀请申请者去面试，不知道2006年开始是否会，因为比较流行的方法是从所有的申请者中选优秀的申请者去面试，以便更好地了解，同时也让申请者熟悉自己的program。有的学校，被邀请去面试的申请者就是最后拿到offer的人，有的学校又会从面试者中再挑选一次，最后发出 offer。这个program给学生发出offer的同时会按照他的研究兴趣分配一个initial advisor，学生有自由换老师，最后会得到导师所在学校发的学位。就这个program一开始就给学生定下一个导师，我持保留意见，比较普遍的做法是新生第一年会在三个不同的实验室去做rotation，完成之后再定下导师。不过这个program也刚刚成立，可能有的规定也会变化。有的人也认为一开始定下一个导师也有它的好处。

推荐的老师有：
Eric Xing, http://www.cs.cmu.edu/~epxing/ , 双博士学位。
Ziv Bar-Jpseph, http://www.cs.cmu.edu/~zivbj/ 。
Russell Schwartz, http://www.cs.cmu.edu/~russells/ ,2005年获得Presidential Early Career Awards for Scientists and Engineers      
Kathryn Roeder, http://www.stat.cmu.edu/~roeder/, 统计系教授。
Takis Benos, http://www.hgen.pitt.edu/~benos/lab_pages/lab_members.html 。


申请者也可以考虑UPitt和CMU的其他专业，http://www.compbio.cmu.edu/alternatives.html 推荐了很多， 包括UPitt的Interdisciplinary Biomedical Graduate Program；Biomedical Informatics；CMU的Ph.D. programs in Biological Sciences, Biomedical Engineering and Computer Science等。


     PSU的Integrative Biosciences Program共提供了9个Ph.D. degree，正在筹建第10个, Bioinformatics and Genomics。http://www.huck.psu.edu/GradEd/IBIOS_BXGeno_NoCV_Aug2004.pdf 是2004年8月提出的一个proposal，等待NSF的拨款，据说很有希望。

Dr.S. Blair Hedges, http://evo.bio.psu.edu/hedgeslab/ , 是这个方向的co-director，他建议在这个proposal正式批准之前可以申请PSU的其他program，一旦批准之后，可以transfer。

PSU的Center for Comparative Genomics and Bioinformatics http://www.bx.psu.edu/ 目前有8位PI,都在准备成立的Bioinformatics and Genomics Program里面，申请者可以根据自己的研究兴趣申请PI所在的program，以后再转。

Webb C. Miller, 是计算机工程系的教授，算Bioinformatics的pioneer之一， http://www.cse.psu.edu/people/faculty.php?person=webb 。研究方向是Algorithms and Software for Molecular Biology， 不过他2005年不招人，不知道2006年有没有位置。