号召不打算改行的同学进行学术/非学术讨论

lingli_xiaoaiUID: 172506

搞生物的同学中，目前暂时不打算改行，大家来交流一下吧。（我suppose这里还是有在可见的未来想继续干生物的同学）。

目的有几个
1 鼓励对生物有兴趣的同学，生物没有堕落到完全没人想干的程度
2 对于想把目前的事情干好的同学，希望已经干得不错的同学传授点经验。
3 希望中文论坛中还有个不是劝退堕落版的生物版。

内容建议

1，介绍一下自己的现在的专业/目标专业的情况，比如我一直想知道的一个问题 bioinformatics 到底是搞啥的。
2，自己在实验/学习中遇到的困难或者解决办法
3，大家都知道做生物压力很大，分享一下自己的抗压办法之类的。日子总之要过的。
4，分享一下自己读的paper，学到的新方法，或者知道的各个生物大牛的故事之类的。生物总是有点有意思的东西把。

不要让这个版老是冷清成这个样子好不好啊。。

偶会每天来给每个参与讨论的童鞋加声望。。

lingli_xiaoaiUID: 172506

我先抛砖引玉来一个。。看看大家都符合多少条。

我符合
1，3，4，5，7，8，9，10，17，25，28，29，39，46，47

发信人: geneshow (     ), 信区: Biology
标  题: You know you've worked too long in a lab when
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 26 03:10:57 2009)


1. You use the word "aliquot" in regular sentences.

2.       Sometimes you momentarily vanish from social activities
because of a time point.

3.       You've never worn a clean lab coat.

4.       You don't fear rodents, rodents fear you.

5.       You say "orders of magnitude" in regular sentences.

6.       You flinch when you hear the word "significant".

7.       You've used Kimwipes as Kleenex.

8.       You're very good at diluting things.

9.       You're also very good at transferring small amounts of liquid
between containers.

10.    No-one in your family has any idea what you do.

11.    You can make a short film in power point.

12.    You own invitrogen t-shirts and actually wear them.

13.    You refer to your children as the F1.

14.    You've suffered carpal tunnel from the pipetman.

15.    A timer clipped to the hip is not only practical, but dead sexy.

16.    You've played Battleship using tip boxes.

17.    You think the following is a quality insult: "I've seen cells
more competent than you!".

18.    The scent of latex reminds you of work, not play.

19.    You wonder what absolute alcohol tastes like with orange juice

20.    You can't watch CSI without cursing at least one scientific
inaccuracy

21.    You use acronyms for everything and never stop to elaborate

22.    You can't stand god-like physicians, while secretly wishing you
had their job.

23.    You always seem to use the microscope after the person with the
impossible close together eyes

24.    Accident reports are a badge of honor

25.    You've wondered why you can't drink distilled water in the lab
- shouldn't it be clean?

26.    You give the lab equipment motivational pep talks "Work for me
today or i'll reprogram you with a fire axe" is my favorite

27.    You've worked out that a trained chimp could probably do 90% of your job

28.    When a non-scientist asks you what you do for a living you roll
your eyes and talk science at them until they've loss the will to live
(mainly for fun)

29.    You have to check the web to find out what the weather is outside

30.    You realize that almost anything can be classed as background reading

31.    People wearing shorts under a lab coat disturb you slightly as
they look as though they might be naked underneath

32.    Safety equipment is optional unless it makes you look cool

33.    Warning labels invoke curiosity rather than caution

34.    The Christmas nightout reveals scientists can't dance, although
a formula for the movement of hands and feet combined with beats per
min is found scrawled on a napkin by a waiter the next day

35.    You know which part of the lab you can chill out undisturbed on
friday afternoon

36.    You decide the courses and conference you want to go on by the
quality of the food served

37.    You are strangely proud of the collection of junk you've stolen
from vendors at trade shows

38.    You've used dry ice to cool beer down

39.    No matter what the timings in the experiment protocol there is
always time for lunch in the middle
As has been pointed out to me on several occasions - You can no longer spell normal words but have no trouble with spelling things like
immunohistochemistry or deoxyribonucleic acid.

40.    Burning eyes, nose and throat indicate that you haven't
actually turned on the fumehood/downdraft bench

41.    Your slightly too fond of the smell of (pick one or many)
Xylene/Agar/Ethanol/Undergraduates/Alcoholic handwash

42.    You've left the lab wearing a piece of PPE (personal protective
equipment) because you forgot you had it on

43.    You bitch about not being able to pipette by mouth any more
(Not me but i've worked with people who do!)

44.    You still get amusement out of "freezing" things in liquid nitrogen.

45.    You've bent down to pick something up off the floor only to
scatter the contents of your top pocket under the largest machine in
the lab - Common problem i believe

46.    You rejoice when grabbing a handfull of eppendorfs/bijous/anything and it turns outs to be the exact number
you needed

47.    When you start making patterns in your pipette tip box as you
take the tips out/

48.    When you wonder how much it will hurt if I pour just a smidge
of this phenol/chloroform/trichloroacetic acid/any random chemical on
myself

49.    You can identify organs on road kills.

50.    The fire alarm ceases to bug you. You only evacuate when you
see the fire. (Hand on the floor to check for heat is a good
indicator).

51.    When you've got that callus on the side of your thumb from
opening PCR tubes.

52.    You open the toothpaste with one hand.

53.    You want to have parafilm at home, too.

so猫UID: 148633

我不是搞bioinformatics的~ 但是多少知道一点~~~
BI其实是个很有趣的方向，一般跟HTS联合起来用，就我所知到的应用方面哈，我举个例子。

先说说背景。
很多已知的疾病机理都和某种酶类或者G-protein相关，而小分子药物的设计原理其实就是要么是对这个靶子的agonist要么是antiagonist。然后传统的方式就是瞎猫碰到死耗子，把能测的现有的各种小分子拿来折腾然后找最好的。HTS是在一个library的范围内作assay找到可能的药物前体。
在结构生物学还没有完全发展成熟的时候大部分的人都是靠运气。BI呢，就是在借助已知的蛋白质结构的情况下，利用电脑程序计算出一个能和蛋白质perfectly结合的分子，这里面涉及到很多很多的参数，比如什么形状多少的亲水性，电脑程序可以很nb的算出一个89不离十的分子，然后你就拿去做改性。
这里面有一个很大很大很大的数据库，而且不同公司的library都是独立的，因为谁找到perfectly的分子那都是billion的专利。
所以药厂有那么一拨人，专门搞这个。

我说的可能有点片面，可能只是一个方向，欢迎大家补充。

对了，我希望听听有至人士来评价一下蛋白质组学。

so猫UID: 148633

哈哈 我
2，4，6，7，8，9，10，18，19，20，21，22，25，28，29，30，32，36，37，38，41，48，49，51，52，53

lingli_xiaoaiUID: 172506

哈哈 我
2，4，6，7，8，9，10，18，19，20，21，22，25，28，29，30，32，36，37，38，41，48，49，51，52，53
so猫 发表于 2009-1-29 08:17

2个字。。服了。。。

lingli_xiaoaiUID: 172506

我不是搞bioinformatics的~ 但是多少知道一点~~~
BI其实是个很有趣的方向，一般跟HTS联合起来用，就我所知到的应用方面哈，我举个例子。

先说说背景。
很多已知的疾病机理都和某种酶类或者G-protein相关，而小分 ...
so猫 发表于 2009-1-29 08:08

终于了了一个我长久以来的疑问。

那我也来个故事吧。。关于生物界的明星蛋白p53的发现。关于这个蛋白的明星地位，搞生物或者cancer方向的人都很清楚，很多paper都是往这个上面扯，当然以这个为研究方向的很多论文都发在了很顶尖的杂志上。现在被证明一种，常染色显性遗传疾病Li-Fraumeni syndrome是因为p53基因突变引起的。这个疾病的主要
后果就是，以非常高的几率在一生中患上不止一种癌症。这是在证明了p53是一种抑制癌变的蛋白，编码它的基因被称为tumor suppressor gene （抑癌基因）。

但是在20世纪80年代，美国的科学家刚开始研究p53的时候，很多paper发表，称p53是癌基因。原因是，一个与某病毒抗原结合的大小为53的蛋白被发现以后，当时科学家委托一家很大的生物公司，制作出了可以编码这种蛋白的cDNA，然后那它做细胞实验。发现只要被感染了这种基因的细胞，会发生癌变，也就是无限增值。这个观点得到了很多美国其他实验室的支持，大概有十年的时间，这都是美国的主流观点。因为他们都用的同一个dna sequence，而且认为这个序列是完全正确的。后来欧洲的科学家也开始研究这个蛋白，并且独立合成了编码这个蛋白的质粒，用来做细胞实验。结果正好和美国同行的实验结果相反，被感染上这个基因的细胞的生长受到了严重的抑制。所以欧洲的人认为这个p53是个抑制癌症的基因。两地的科学家互相不能说服对方，然后都觉得对方的实验结果是错误的。后来达成了一个协议，就是双方交换所用的编码这个蛋白的基因，然后在自己的实验室里面做。做的结果是，互相证明了对方的实验结果是正确的。 然后人们才想到要比较双方用的质粒dna序列有没有什么不同，结果发现欧洲的科学家用的质粒dna序列是完全正确的，而美国科学家用的那个某公司制作的dna序列，有一个碱基对是错误的。这个错误的碱基对不仅仅成功的编码出蛋白，而且此蛋白的功能和原始蛋白的功能完全相反。这个看似小小的错误，浪费当时美国研究人员10年的时间，10年都在一个完全错误的道路上走。正常情况下，一个碱基的错误根本改变不了蛋白的功能，更不要说蛋白正常表达，功能相反这种情况了。不过还是发生了。

生物实验是会有奇迹发生的，而且一个观点被主流长期接受，也不代表这个观点就是正确的。

GuessyUID: 2184792

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我的问题是我对一些正常英文单词的理解仅仅局限在生物上 比如说competent matrix

generUID: 119764

好玩，先进来报到一下。。。

Puppy22UID: 2239597

我不是搞bioinformatics的~ 但是多少知道一点~~~
BI其实是个很有趣的方向，一般跟HTS联合起来用，就我所知到的应用方面哈，我举个例子。

先说说背景。
很多已知的疾病机理都和某种酶类或者G-protein相关，而小分 ...
so猫 发表于 2009-1-29 08:08

PS:俺是小本，学的是药学，不算很纯生物的，所以可能问题很silly。

Bioinformatics的作用到底在目前的研究中有多大的作用？对于这点我有些疑惑。
比如利用library和Protein的结构用软件做docking或者virtual screening的时候，的确能够得到一些potential compounds。课上也学过一些最近的药物很多是基于这些发现的。但问题是现在所做的计算机模拟的可靠性能不能或者未来最大限度接近甚至等同于真实条件。听过几个国外比较牛的做计算的讲座，在例子里的确发现用他们自己方法做计算的结果和后来实验结果偏差很小，但是似乎并不是适用于大多数的。而且每个人用的公式、近似方法似乎都不是很相同。有没有可能在未来10年或者20年利得到统一的、公认、精准的算法或者力场，如果这样的话，似乎现在很多的bench work就可以用计算机替代了。
还有一个想法是关于蛋白质sequence推导折叠过程和最终结构方面，BI所能起到的作用。如果不考虑分子伴侣或者其他partner的条件下，能不能依靠大量如生化、NMR的数据积累的经验，从sequence的序列用计算机来模拟体外折叠的过程，当然也是要精确的；同样使用同一分子伴侣帮助折叠的蛋白质，是不是也能通过经验进行折叠的预测？

lingli_xiaoaiUID: 172506

我可以对chaperone protein 所谓的分子伴侣 做一点评价，因为我曾经做过一段时间关于一个疑似分子伴侣protein的研究，基本上来说，大部分的分子伴侣，包括heat shock protein， 对于蛋白折叠的作用，基本上是在稳定性上的，在没有分子伴侣的情况下，只要生理条件正常也可以折叠。而分子伴侣有一个重要作用是表现在细胞处在生理不利地位的时候，比如heat shock，或者uv照射，或者抗癌剂的的时候，可以帮组细胞度过压力，不至于凋亡。这种作用有可能导致癌细胞的耐药性。现在判断一个细胞是否为分子伴侣也是通过比较蛋白序列，function domain，和其他已知heat shock protein的结合来的。而且一个分子伴侣可以结合很多功能类似，但是结构也许完全不同的蛋白，所以我感觉要到根据一个蛋白需要什么样的分子伴侣来判断蛋白在体内会有怎么样的conformation还是很有难度的。

HandsomeLeeUID: 2102670

这学期选了Bioinformatics的科，但是看病耽误了第一堂的头30min，所以没搞清楚Bioinformatics是啥，不过现在刚开始讲讲数据库啊，DNA啊啥的，倒是不难……
不过估计我们这门课不会摄入太深，毕竟是个600的

至于专业知识，属要是丁香园之类的搞得很欢很欢，呵呵。
不过估计来这里讨论也是会有答案的。

俺的水平还只有看的分

露露UID: 2407557

我的困难是我很害怕做动物实验~~~
前几天做实验时参与了杀兔子，在后来的好几天一回想起那场面，心里就怕怕的，好几天才平静下来~~~
想知道大家有没有过类似的困难？是如何克服的？

lingli_xiaoaiUID: 172506

这学期选了Bioinformatics的科，但是看病耽误了第一堂的头30min，所以没搞清楚Bioinformatics是啥，不过现在刚开始讲讲数据库啊，DNA啊啥的，倒是不难……
不过估计我们这门课不会摄入太深，毕竟是个600的

至于专 ...
HandsomeLee 发表于 2009-1-29 13:29

可以讨论点不是很学术的啊。。
600...你们学校怎么算level啊。。我们000-400 越大越难。。。你们一来就600... 太猛了。。

我们学校开的课说要熟练掌握编程，我和我同学就没敢上，所以我到现在都不明白搞的啥。

lingli_xiaoaiUID: 172506

我的困难是我很害怕做动物实验~~~
前几天做实验时参与了杀兔子，在后来的好几天一回想起那场面，心里就怕怕的，好几天才平静下来~~~
想知道大家有没有过类似的困难？是如何克服的？
露露 发表于 2009-1-29 13:36

我觉得搞生物，做动物实验是不可避免的。国内的动物实验确实残忍了一点，这点需要改进。我当时在国内做兔子实验大家也是觉得很残忍了。

两点，1，做多了自然就习惯了，开始都不适应，多了就麻木了。尤其是对老鼠这种动物。
              2，美国做动物实验跟国内人动手术差不多，我们做rat实验，一直给老鼠上吸入性麻醉剂，一个口罩，为了避免它眼睛干，还要给它眼睛涂眼膏，穿戴整齐。杀老鼠都不像国内直接断颈，而是放在玻璃盒子里面，先给无痛弄昏迷了以后，在二氧化碳处死。。太人道了。。我想这样你应该不觉得太难接受。

so猫UID: 148633

9# Puppy22

以下是我的个人看法：
BI不是万能的，BI的作用就是做一个初筛，一个类似于猜想的东西。真正验证还是需要化学家的合成分离和生物学家的检测。没有一个学科是完美的，bi也一样，所以才要求多学科的通力合作。可能在一半的时间内bi的确会带来简便，但是可能在另外一半中完全没有用甚至找麻烦。但是不能因此就说bi没有用。何况现在是bi的初级发展，以后根据经验数据加以修正让高通量更便捷和准确。
你说的第二点我完全同意，我个人认为是完全有可能的，虽然真实情况还是需要做实验才知道。