结构生物学之美

DidaViUID: 2352006

今天是最后一节Principles of Crystallography，TA在课结束前的一小段真情流露让我也小小触动了一下。昨天刚刚看到了触动的文字，今天又被触动了一下，所以发点小感慨。

结构生物学貌似是很简单的一种手段，很多人可能很鄙视它。好像没啥背景的人也可以很容易上手，反正现在计算科学那么发达，结构软件一般就inputdata，output densitymap。瓶颈在于拿到高分辨率的晶体，然而这个基本是靠运气。运气好的人，随便就拿到了晶体，衍射高于2.5A，软件一解发paper。
其实呢，在处理数据之前的过程，只能叫做crystallization，并不能真正叫做crystallography。翻开任何一本crystallography的textbook，里面讲的都是晶体结构和解析原理，没有之前的结晶过程。Crystallography是门很深奥的艺术，that’s why it is called “graphy”.

学生物的，已经习惯了接受事实和结论，并不十分在意中间的过程和原理。拿到一个protocal，照做，有多少人问过为什么？为什么要这样做？为什么要做这步？
做结构的，有多少人知道ccp4内核是如何处理数据的？有多少人能够直接用command处理数据？其实，相当一部分人并不知道input和output之间的黑匣子是如何运作的。这就是为什么前段时间第一个ATP binding cassettetransporter的结构出来之后引发了相当激烈的争论，尤其是第二个结构出来之后。后来发现是手性的问题，第一个结构中的几个columnlabel换一下，再出来的结果就和第二个几乎完全superimpose。
对structurebio了解多的人肯定知道如何通过数据判断一个model的好坏，但是，那只是软件给出的结果。在Yale就有这样的人，能够得到非常可靠的model，但是refinementstatistics完全不符合通常的标准。他们能够充分利用收到的数据，破极限地处理。很庆幸自己能在结构生物学的泰山北斗这里学习如何processing data，了解软件的背后，让软件为我所用，而非依赖软件的强大与否。
很惭愧，本科出身于很强大的结构生物学实验室，但是严格地讲，我只是知道crystallization，对crystallography一无所知……在我毕业以前，学校没有真正的结构生物学课，实验室里也没有学到关于数据处理方面的知识。原来在实验室里，很大一部分时间是在做各种准备工作，涂真空脂，擦玻璃片，配培养基，配胶……在美国，培养基是胶囊的，胶是ready的，板子是涂好真空脂的，硅化玻片是直接用的……原来需要准备3天以上的材料，现在是现成的。跑题了，回归回归……原来实验室里有3个课题是有3A以内衍射晶体的，但是师姐数据处理不顺利，如果我在那个时候就了解如何processing data的话，想必本科就graduate with 4 papers了。

开始graduateschool之前也曾想过，要不要做结构，周围的同学大部分都去做别的了，“打死也不再做结构了”。是呀，如果只是crystallization，的确枯燥，而且没有技术含量。随着现在逐渐深入的了解和认知，开始越发地喜欢上crystallography这门艺术，生物和物理的完美交融。但是现在交融的还不够，多数做结构生物的人还是过于生物，物理大牛又掺和的较少，这门艺术的黑匣子里，未知的东西还有很多，值得探索的东西杳无止境。

sophie07UID: 2383646

真的很羡慕楼主可以从艺术和美的角度认识结构生物学。我现在也在结构实验室做毕业论文，但真的什么CRYSTALLOGRAPHY都没学到，只知道如何养细菌，纯化蛋白，做胶跑电泳。更郁闷的是，老师完全把人当作工具一样对待，就是一个给他养细菌和纯化蛋白的工具，而且他容许不了你做实验时有一点空闲时间，总不停地给你安排任务。即便这样，他还在背后骂我不用功......
总之，这段经历给我心中蒙上了太大的阴影。不知道即将开始的美国留学生活会是什么样。

achillesheelUID: 2113233

一个单晶一篇sci。。。灌水！哈哈！

lrgfcUID: 2200024

赞一个 说的真好

TOUSUID: 2400035

问题是你得有data才能processing data啊
拿data之前的工作量太大了
而且相对于其他领域来说，biology的成分太少了

greattoeflUID: 2474464

虽然我不是学结构的但看看也有所收获