ATAC-seq

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上海嘉因生物科技有限公司是中国表观遗传学服务的领跑者，高新技术企业，同济大学参股的校企。公司主打以ChIP-seq实验服务， ATAC-seq实验服务, RIP-seq实验服务,CLIP-seq实验服务, ChIRP-seq实验服务 和RNA pull down实验服务 为主的高通量实验业务 和生物信息学分析业务。公司目前已累计完成各类表观遗传学实验2000余例，其中转录因子的ChIP-seq实验成功率超过80%，组蛋白修饰的ChIP-seq成功率接近100%。
我们的核心成员来自哈佛大学、加州大学洛杉矶分校、清华大学、同济大学等国内外知名学府。合作单位遍布全国，与国内许多院士级别，院长级别的实验室建立了长期合作关系。截至2017年底，团队核心成员已在国际顶尖学术期刊Nature, Cancer Cell, Cell Reports, Genome Research和Nucleic Acids Research上发表近20篇学术论文。

嘉因生物表观遗传领跑技术服务—ATAC-seq，
ATAC-seq是在全基因组尺度下，研究染色质开放状态（open chromatin）的技术，该技术再2013年被首次提出，作为MNase-Seq和DNA-seq的替代或补充方法，与基因表达谱紧密相连。ATAC-seq可以用来研究基因调控去的开关状体以及染色质不同状态与靶基因表达之间的关系，所以该技术再基因调控领域具有极强的应用价值

嘉因生物专注于表观遗传学研究，已经成功对活细胞（fresh cell）和冻存细胞（frozen cell）进行了ATAC-seq 实验，现在面向全球进行推广。

案例：
案例链接：http://www.rainbow-genome.com/
肿瘤机制研究
Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility（cell, 2016 July）
选择人小细胞肺癌研究促进癌症扩散转移的背景机制。比较原发性和肝转移性的小细胞肺癌细胞之间的差异。两种类型分别来自于4只小鼠重复共计8个样本，利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控肿瘤细胞转移中扮演着重要角色。在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增大，且Nfib在侵袭性原发性肿瘤和转移性肿瘤内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明了Nfib对促进癌细胞增殖和迁移的重要作用及调控机制。



肿瘤发育研究
Discovery of Transcription Factors and Regulatory Regions Driving In Vivo Tumor Development by ATAC-seq and FAIRE-seq Open Chromatin Profiling（PLoS Genet 2015 Feb）
取果蝇眼内触角圆盘组织野生型和对应的不同时期的 Rasv12 + scrib-/- mutation tumor样本，用ATAC-seq检测染色质开放图谱存在的差异。结果发现tumor和正常组织之间，早期肿瘤和晚期肿瘤之间，开放染色质区域存在数以千计的peak差异，说明处于开放状态的染色质区域有所区别。肿瘤中许多enhancer和promoter被激活，结合基因表达谱RNA-seq数据，证实染色质开放区域与临近基因的表达水平相关。
在染色质开放区域内扫描motif来寻找可能存在的转录因子调控，发现 AP-1 和Stat92E对于原癌基因表达和肿瘤的生长发育具有关键的调控作用。



联系方式
Mr. Li
email：lirm@rainbow-genome.com
tel：+86 15150681880